Franciszek z Asyżu przyszedł na świat w rodzinie zamożnego kupca, sukiennika umbryjskiego Pietro Bernardone.
Jego matka, Pika , pochodząca z Pikardii,nadała mu na chrzcie imię Jana (Chrzciciela albo Ewangelisty), które ojciec zmienił na Francesco, prawdopodobnie będąc pod ogromnym wpływem Francji, w której zawarł korzystne umowy handlowe.
Źródła podają, że Franciszek miał brata o imieniu Anioł.
Pierwsze lata swego życia spędził w rodzinnym Asyżu.
Uczęszczał do parafialnej szkoły przy kościele św. Jerzego, gdzie zdobył podstawowe wykształcenie.
Mając 21 lat, wziął udział w wojnie pomiędzy Asyżem a Perugią. Konflikt dotyczył wykupu ziemi komunalnej przez szlachtę asyską. Na przełomie 1202 i 1203 roku, w wyniku zdrady towarzysza, został uwięziony w Perugii. Uwolniony w 1204, ze względu na ciężką chorobę powrócił do Asyżu. Rok 1205 jest początkiem powolnego procesu nawrócenia Franciszka. W czasie wyprawy wojennej do Apulii, w Spoletomiał wizję, która zadecydowała o kolejach jego życia.