Ze względu na nawrót choroby ponownie wrócił do Asyżu, gdzie hojnie obdarował spotkanego po drodze trędowatego i dał mu pocałunek pokoju. W asyskim kościele San Damiano jesienią tego samego roku usłyszał głosChrystusa, przemawiającego z ikony krzyża, który kazał mu iść i odbudować kościół (Krzyż z San Damiano)[4]. Wydarzenie to opisują biografowie franciszkańscy Tomasz z Celano i Bonawentura z Bagnoregio. Remontując kościół sprzedał konia i zabrał ze sklepu ojca kilka beli sukna, przez co popadł w konflikt z nim. Ojciec najpierw uwięził go, a potem, w 1206roku, zaprowadził przed sąd biskupi (na życzenie Franciszka, który uważał, że żaden inny trybunał nie jest dla niego miarodajny). Biskup orzekł, że Franciszek powinien zwrócić ojcu koszty, na co Franciszek oświadczył, iż nie ma ojca – zdjął odzienie, zostając w samej włosienicy, złożył je i razem z pieniędzmi oddał ojcu. Rozpoczął życie pokuty, m.in. asystując w leprozorium. W latach 1206-1208 odrestaurował podasyżskie kaplice: San Damiano, San Pietro i kaplicę Matki Bożej Anielskiej w Porcjunkuli pod Asyżem[5].
24 lutego 1208 roku Franciszek, uderzony usłyszanymi w czasie Mszy św. słowami, dotyczącymi stylu życia apostolskiego, zdjął habiteremicki i zaczął nosić prostą brązową tunikę – strój uważany w ówczesnej Umbrii za typowo plebejski. Z bosymi stopami zaczął wzywać ludzi do czynienia pokuty. 16 kwietnia 1208 roku przyłączyli się do niego Bernard z Quintavalle (który spieniężył cały swój majątek, a pieniądze rozdał wdowom i sierotom) i kanonik Piotr z Cattani. W kilka dni później do grupki pierwszych franciszkanów dołączył brat Idzi z Asyżu. Minoryci zaczęli odbywać wyprawy misyjne (Marchia Ankońska, Poggio Bustone, Rieti, Florencja).
Wiosną 1209 (w niektórych źródłach 1210) roku Franciszek poprosił w Rzymie o zatwierdzenie napisanej przez siebie Reguły. Innocenty III, zgodnie z wcześniejszymi ustaleniami miał odmówić i wręczyć Franciszkowi napomnienie, ale, jak mówią podania, pod wpływem snu z poprzedniej nocy postanowił zatwierdzić regułę. W śnie tym papież Innocenty widział walące się mury bazyliki lateraneńskiej i obszarpanego młodzieńca, który w jego oczach urósł do olbrzyma i ocalił Lateran. W Franciszku Innocenty rozpoznał młodzieńca ze swego snu i zatwierdził franciszkański sposób życia, polecając braciom mniejszym głoszenie nawrócenia i pokuty. Wracając z Rzymu, Franciszek z pierwszymi towarzyszami zatrzymał się w Rivotorto, a następnie w Porcjunkuli pod Asyżem, która stała się kolebką franciszkanów. Tego samego roku Franciszek założył Trzeci Zakon dla ludzi świeckich.
- niedzielę palmową w 1211 albo 1212 roku Franciszek przyjął w Porcjunkuli Klarę Ofreduccio, której pomógł w ucieczce z domu; wówczas ukonstytuował się Drugi Zakon – Klaryski. W następnych latach Franciszek informował osobiście papieża o stanie rozwoju założonej przez siebie wspólnoty franciszkańskiej, spotykając się w Rzymie z Jakubiną Settesoli. Szlachcic Orlando di Chiusi ofiarował franciszkanom na zamku Monte Feltro górę La Verna. W 1215 roku w czasie IV Soboru Laterańskiego, Franciszek spotkał Dominika Guzmana, założyciela zakonu dominikanów.
5 maja 1217 roku franciszkanie zgromadzili się w Porcjunkuli na kapitule generalnej. Zostały podjęte decyzje o misji pozaalpejskiej, doZiemi Świętej i do Afryki. Franciszek na wyraźne życzenie kardynała Ugolina (późniejszego papieża Grzegorza IX), legata papieskiego dlaToskanii i Lombardii, zdecydował się pozostać we Włoszech.
- 1219 roku Franciszek wyruszył na Bliski Wschód. W Egipcie spotkał się z sułtanem Melek el-Kamelem. Zaproponował mu, by odrzuciłMahometa, a przyjął Chrystusa. Mimo wielkiej obrazy, jaką była taka propozycja, sułtan zapytał Franciszka, co uczyni, by dowieść prawdziwości swojej wiary. Franciszek zaproponował, by sułtan rozpalił wielki ogień, przez który przejdą Franciszek i derwisze sułtana, aBóg uczyni sąd i jeśli zechce, to Franciszek przejdzie nietknięty. Jednak derwisze sułtana nie podjęli wyzwania, sam sułtan zaś odesłał Franciszka, dając mu firman na drogę, by nikt w zasięgu wojsk sułtańskich nie skrzywdził go. Na początku 1220 roku Franciszek opuściłAkko, w którym spędzić miał cały rok, nawiedzając miejsca święte Palestyny. Spotkanie Franciszka z sułtanem potwierdzają kroniki muzułmańskie, krzyżowców i jeden z listów biskupa Jakuba de Vitry.
Po powrocie do Włoch Franciszek zrzekł się przywództwa zakonowi, wyznaczając na swego następcę brata Pietro Cattaniego. 29 listopada, na prośbę Franciszka, papież Honoriusz III bullą Solet annuere zatwierdził napisaną przez Biedaczynę z Asyżu regułę (tzw.Reguła zatwierdzona)[6][7].
W nocy z 24 na 25 grudnia 1223 roku Franciszek urządził w Greccio pierwszą w historii bożonarodzeniową szopkę. 14albo 15 otrzymał w grocie na szczycie La Verny święte stygmaty[8]. W czasie modlitwy wpadł w zachwycenie, ujrzał coś podobnego do „ukrzyżowanego archanioła o siedmiu skrzydłach, albo do apokaliptycznej wizji ukrzyżowanej potęgi ostatecznej”[9]. Przeszył go straszny ból, a gdy ocknął się, ujrzał, że stopy i nadgarstki ma przebite gwoździami, bok zaś otwarty. W 1225 roku Franciszek zaczął coraz bardziej odczuwać dolegliwości związane z chorobą oczu. Za namową brata Eliasza poddał się bezskutecznym zabiegom lekarskim. Przebywając w tym czasie w kościele San Damiano ułożył Pieśń słoneczną.
Ostatnie miesiące swego życia spędził podróżując od miasta do miasta. Pod koniec pory letniej 1226 powrócił do Asyżu. Umarł, położony na własne życzenie bez ubrań na gołej ziemi, w sobotę, 4 października 1226 roku. Następnego dnia mieszkańcy Asyżu przenieśli jego ciało do kościoła San Giorgio w środku miasta. Brat Eliasz powiadomił o śmierci Franciszka, śląc List okólny o śmierci św. Franciszka.
Z miejsca pierwotnego pochówku ciało Franciszka zostało przeniesione 25 maja 1230 roku do wybudowanej specjalnie przez Eliasza Bombarone bazyliki na Colle del Paradiso w Asyżu.